Les agences de lUnion européenne sont spécialisées et décentralisées. Elles sont regroupées en quatre catégories : les agences communautaires ; les agences de politique étrangère et de sécurité commune ; les agences de coopération policière et judiciaire en matière pénale ; les agences exécutives et enfin, les agences et les organes EURATOM.
Les agences communautaires sont des organismes de droit public européen. Elles sont distinctes des institutions communautaires et elles ont une personnalité juridique propre. Elles accomplissent des tâches techniques, scientifiques ou de gestion dans le cadre du premier pilier de lUnion européenne. Il en existe actuellement vingt-quatre. Par exemple, lAgence communautaire du contrôle des pêches (CFCA), lAgence européenne pour la sécurité aérienne (EASA), lAgence européenne pour lenvironnement (EEA), lAgence européenne des médicaments (EMEA), le Centre européen pour le développement de la formation professionnelle (Cedefop) ou encore lObservatoire des drogues et des toxicomanies (EMCDDA). Les agences se distinguent par leur taille et leur mission mais elles ont toutes une structure de base commune et un même mode de fonctionnement. Elles sont dirigées par un Conseil dadministration où les Etats membres de lUnion européenne et la Commission européenne y sont représentés.
Les agences de politique étrangère et de sécurité commune ont été crées pour remplir des tâches spécifiques de nature technique, scientifique ou de gestion dans le cadre de la politique étrangère et de sécurité commune (PESC) qui est le deuxième pilier de lUnion européenne. Il en existe trois : l'Agence européenne de défense (EDA), l'Institut d'études de sécurité de l'Union européenne (ISS), le Centre satellitaire de l'Union européenne (EUSC).
Les agences de coopération policière et judiciaire en matière pénale aident les Etats membres à coopérer dans la lutte contre la criminalité internationale organisée. Il sagit du troisième pilier de lUnion européenne. Il en existe trois : lUnité de coopération judiciaire de lUnion européenne (Eurojust), le Collège européen de police (Cepol) et lOffice européen de police (Europol).
Les agences exécutives sont créées pour une durée déterminée. Elles remplissent des tâches qui sont liées à ladministration et à la gestion des programmes communautaires. Elles siègent à la Commission européenne (Bruxelles ou Luxembourg). Il en existe six : lAgence du Conseil européen de la recherche (CER), lAgence pour la compétitivité et linnovation (EACI), lAgence pour la santé publique (PHEA), lAgence du réseau transeuropéen de transport (TEN-T EA), lAgence pour la recherche (REA) et lAgence « Education, audiovisuel et culture » (EACEA).