Une maladie est dite professionnelle lorsquelle est la conséquence directe de l'exposition d'un salarié à un risque (physique, chimique ou biologique), ou quelle résulte des conditions dans lesquelles il exerce son activité professionnelle. La reconnaissance du caractère professionnel de la maladie est facilitée par deux mécanismes. En effet, la loi a établit une liste des maladies professionnelles. Chaque tableau définit les maladies, les principaux travaux susceptibles de provoquer ces maladies et précise le délai de prise en charge, c'est-à-dire la période de temps écoulée entre la toute première constatation de la maladie et le retrait du risque. Aussi, un Comité est spécialement chargé des questions de maladies professionnelles.
Le salarié atteint dune maladie professionnelle doit déposer une demande de reconnaissance du caractère professionnel de sa maladie à sa Caisse primaire dassurance maladie (CPAM) ou à sa Caisse de Mutualité sociale agricole (MSA). Il doit envoyer sa déclaration dans les quinze jours qui suivent larrêt de travail. Il doit joindre à sa déclaration un certificat médical initial (CMI) qui décrit sa maladie et une attestation de salaire fournie par lemployeur en cas darrêt de travail. La Caisse engage alors une enquête médicale et administrative. Elle a trois mois pour statuer à compter de la réception de la déclaration.
Le salarié victime bénéficiera d'une indemnisation en nature destinée à prendre en charge les frais occasionnés par sa maladie professionnelle (prise en charge des frais médicaux, des frais de transport éventuels...). Les prestations sociales, les frais médicaux, les frais pharmaceutiques et les frais chirurgicaux liés à la maladie, sont pris en charge par la Sécurité sociale. En plus, le salarié a le droit à des indemnités journalières darrêt de travail. Les indemnités journalières sont versées jusqu'à la guérison ou la consolidation de son état. Le salarié y a droit à partir du premier jour qui suit larrêt de travail consécutif à laccident. La journée de travail au cours de laquelle laccident sest produit est intégralement à la charge de lemployeur. Pendant les 28 premiers jours darrêt de travail, lindemnité journalière est égale à 60 % du salaire journalier de base. Il y a un montant maximum qui est revu chaque année. A partir du 29ème jour, lindemnité journalière est égale à 80 % du salaire journalier de base. Lindemnité versée au salarié ne peut être supérieure au salaire net perçu par le salarié avant son accident. Si larrêt de travail est supérieur à 15 jours, les indemnités sont versées au moins deux fois par mois.
A la fin du troisième mois consécutif darrêt de travail et sil y a eu une augmentation générale des salaires postérieure à laccident, le montant des indemnités peut être revalorisé par un coefficient de majoration fixé par arrêté ministériel. Un autre calcul de la révision peut être retenu sil savère être plus favorable au salarié. Les indemnités journalières sont soumises à la CSG (contribution sociale généralisée) au taux de 6,2 %, et à la CRDS (contribution au remboursement de la dette sociale) au taux de 0,5 %. Un complément de salaire peut être versé par l'employeur, notamment si le salarié justifie de trois ans d'ancienneté dans l'entreprise ou l'établissement.
Enfin, toute maladie, professionnelle ou non, constatée par certificat médical, ouvre droit à une indemnisation complémentaire dès lors quune incapacité temporaire de travail a été constatée et que le salarié a transmis à son employeur le certificat médical dans les quarante-huit heures. En cas de maladie professionnelle, l'indemnisation complémentaire intervient dès le premier jour d'absence. Par exemple, sil a entre trois et sept ans d'ancienneté, le salarié perçoit 90 % de sa rémunération brute pendant le premier mois puis 66 % de la rémunération brute (y compris les indemnités journalières de la Sécurité sociale) qu'il aurait gagnée s'il avait continué à travailler. La durée de ces deux périodes d'indemnisation est portée à 40 jours si le salarié a au moins huit ans d'ancienneté, 50 jours si le salarié a au moins treize ans d'ancienneté, 60 jours si le salarié a au moins dix-huit ans d'ancienneté, 70 jours si le salarié a au moins vingt-trois ans d'ancienneté, 80 jours si le salarié a au moins 28 ans d'ancienneté, 90 jours si le salarié a au moins 33 ans d'ancienneté. En cas d'arrêts successifs, ces durées d'indemnisation sévaluent sur une période de douze mois.
Sil existe toujours des séquelles, le médecin doit rédiger un certificat de consolidation. Il permet de fixer le taux dincapacité partielle et dindemniser le patient. Si des soins sont nécessaires après la consolidation, la prise en charge à 100% peut être prolongée. En cas daggravation de la maladie, le taux dincapacité peut être revu après la rédaction dun certificat daggravation. En cas dincapacité permanente, la victime bénéficiera, en fonction de son taux d'incapacité, soit d'un capital soit d'une rente à partir de la consolidation de son état. Si la maladie entraîne le décès, un certificat devra indiquer le lien entre la maladie professionnelle et le décès pour que les proches puissent bénéficier dune rente.
Des conventions ou des accords collectifs peuvent prévoir une indemnisation plus avantageuse pour le salarié que l'indemnisation légale.