Il existe de nombreux accords ont pour objectif la protection de la faune et de la flore, au niveau international et communautaire.
Au niveau national, certaines espèces animales et certains végétaux sont particulièrement protégés. La protection de certaines espèces est prévue lorsquun intérêt scientifique particulier ou que les nécessités de la préservation biologique le justifient. Ceux qui sont touchés sont les animaux appartenant au patrimoine biologique national et non domestiques (à savoir nayant subi aucune modification par sélection de lhomme) ou les espèces végétales non cultivées présentant un intérêt scientifique particulier ou dont les nécessités de la préservation du patrimoine biologique justifient la conservation.
En matière de protection concernant les espèces animales, il est interdit de détruire ou denlever des ufs ou des nids, de mutiler, détruire, capturer ou enlever ou tout acte intentionnel qui aurait pour résultat la vie à létat naturel danimaux de ces espèces ou, de les transporter, les utiliser, les détenir, les vendre ou les acheter (morts ou vivants). Dans le même sens, détruire, couper, mutiler, arracher, transporter, colporter, cueillir, vente, achat ou encore enlever des végétaux issues despèces protégées est interdit. Il en est de même de leurs fruits ou toute autre élément issu de leur processus de maturation. A cela il faut ajouter laltération u milieu naturel de ces espèces (concerne également les animaux).
Le niveau de protection peut être variable en fonction du temps nécessaire à la reconstitution des populations naturelles en cause ou de leurs habitats et des périodes ou circonstances où elles sont particulièrement vulnérables. Ces interdictions peuvent sétendre à la totalité du territoire national (listes nationales) ou seulement une partie si les espèces en cause y sont rares et que leur habitat est menacé (listes régionales). La durée de ces interdictions (permanente ou temporaire) peut différer en fonction des espèces concernées. Le contenu des interdictions peut être plus limité. Certaines espèces ne sont protégées que de manière partielle dans la mesure où leur destruction ou leur capture est autorisée, mais pas leur mutilation, naturalisation, vente ou achat.
Des dérogations aux interdictions de destruction, de capture ou de prélèvements despèces animales ou végétales protégées peuvent être accordées à conditions quil ny ait pas dautre alternative et que cela maintienne le milieu naturel de conservation des espèces. Ces dérogations doivent être justifiées dans lintérêt de la préservation la faune et de la flore sauvages et de la conservation des habitats naturels, ou encore la nécessité de prévenir des dommages importants infligés aux espaces agricoles, à lélevage, au espaces forestiers, aux lieux de pêche, aux points deau Les dérogations peuvent aussi être évoquées pour des motifs dordre public majeur (santé, sécurité, hygiène ).
Lintroduction dans le milieu naturel de spécimens despèces non domestiques ou non cultivées, et non indigènes est interdite. Cependant, lintroduction dans le milieu naturel de spécimens de telles espèces peut être autorisée à des fins agricoles, piscicoles ou forestières ou pour des motifs dintérêt général et après évaluation des conséquences de cette introduction.
Des autorisations de capture ou de prélèvements à des fins scientifiques danimaux ou de végétaux appartenant à des espèces protégées peuvent être délivrées par le Ministre chargé de lEnvironnement ou par décision conjointe du Ministre chargé des Pêches maritimes lorsquelles concernent des espèces marines. Ces autorisations peuvent être soumises à des conditions relatives au mode de capture ou de prélèvement et dutilisation des animaux ou végétaux concernés. Elles sont également nécessaires en cas de capture temporaire danimaux protégés.