Au fur et mesure que la règlementation internationale et communautaire sest étoffée, le droit français a mis en place un régime de protection de la faune et de la flore qui lui est propre. Il est ainsi prévu quun inventaire du patrimoine naturel est institué pour l'ensemble du territoire national, quil soit terrestre, fluvial ou marin. Cest sur la base de ces inventaires quil est déterminé quelles sont les espèces en danger quil est nécessaire de protéger. Les listes despèces protégées sont établies par arrêté, ces listes préciseront le régime de linterdiction (temporaire ou permanente, la partie du territoire concernée etc.) Lespèce est considérée comme devant être protégée lorsquelle appartient au patrimoine français ou communautaire, lorsquelle na subi aucune modification par sélection de la part de lhomme, et quelle est inscrite sur une liste.
La loi a prévu différentes mesures : lorsquun intérêt scientifique ou que les nécessités de protection de lenvironnement lexigent la loi prohibe la destruction ou l'enlèvement des ufs ou des nids, des espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées. Elle interdit également de mutiler, de détruire, de capturer, de perturber, de transporter de mettre en vente (etc.) ces différentes espèces.
Par ailleurs, le fait de détruire ou de mutiler, le fait darracher, de cueillir ou denlever des espèces végétales non cultivées au cours de leur cycle de vie est interdit. De même que transporter, prélever, mettre en vente ou détenir des espèces prises de leur milieu naturel est prohibé. Il existe certaines espèces de végétaux pour lesquels certaines mesures sont tolérées mais uniquement sur autorisation (par exemple, le ramassage de certaines espèces). Est également interdite lintroduction volontaire, par négligence ou imprudence de spécimens despèces végétales ou animales dont les listes sont fixées par arrêtés. Par exception, certaines autorisations peuvent être délivrées par les autorités lorsquil existe un motif dintérêt général.
Le Code de lenvironnement exige pour certaines activités une autorisation. Ainsi, le fait de produire, de détenir, de vendre, de donner, de transporter, dexporter, ou dimporter certaines espèces animales, ou certaines plantes nest possible que sur autorisation. La liste des espèces est établie par arrêté.