Le salarié reçoit les indemnités journalières de la Sécurité sociale et éventuellement un complément de rémunération qui est versé par lemployeur. Les indemnités journalières ont pour but de compenser la perte de salaire. Elles sont égales à une fraction du salaire journalier de base. Le salaire journalier de base est égal à la somme des salaires bruts mensuels des trois mois travaillés qui précèdent l'arrêt de travail divisée par 90. Lorsque les salaires bruts mensuels dépassent le plafond mensuel de la Sécurité sociale, ils ne sont pris en compte que dans la limite de ce plafond. La fraction du salaire journalier de base peut être augmentée en fonction de la durée d'arrêt de travail et pour les assurés qui ont au moins trois enfants à charge.
Pour bénéficier des indemnités journalières, il y a des conditions à remplir. Ainsi, pour un arrêt maladie inférieur à six mois, il faut avoir travaillé 200 heures au cours des trois mois ou des quatre-vingt dix jours qui précèdent l'arrêt de travail ; ou avoir cotisé 1015 fois le montant du SMIC horaire brut, pendant les six mois qui précèdent l'arrêt de travail. Pour un arrêt maladie supérieure à six mois, il faut avoir travaillé 800 heures au cours des douze mois ou des 365 jours qui précèdent l'arrêt de travail, dont 200 heures au moins au cours des trois premiers mois ; ou avoir cotisé 2 030 fois le montant du SMIC horaire brut dont 1 015 fois au cours des six premiers mois, au cours des douze mois qui précèdent larrêt de travail. Si l'assuré a changé de régime de Sécurité sociale, le temps de travail, d'immatriculation et de cotisation dans l'ancien régime est pris en compte. La caisse compétente est celle à laquelle il était affilié au jour de larrêt de travail. Pour les demandeurs demploi, le calcul se fait sur les derniers mois travaillés. Ils auront le droit aux indemnités journalières sils sont concernés par lune de ces trois catégories : ils reçoivent des allocations chômage ; ils ont été indemnisés au cours des douze derniers mois ; ils nont plus dactivité salariée depuis moins de douze mois. L'indemnité journalière est révisée après trois mois d'arrêt de travail en cas d'augmentation des salaires après la date de début de l'arrêt de travail. On applique un coefficient de majoration. Les conventions collectives peuvent prévoir des modalités plus avantageuses. Le salarié pourra en faire la demande.
Les indemnités journalières sont versées tous les quatorze jours soit directement au salarié soit à lemployeur en cas de subrogation. La subrogation signifie quen cas de maintien de salaire pendant larrêt de travail, lemployeur reçoit les indemnités journalières à la place du salarié. Le maintien du salaire peut être prévu dans le cadre d'une convention collective ou d'un accord de branche. Il peut être total ou partiel. Toutefois, pour en bénéficier, le salaire maintenu doit être d'un montant au moins égal au montant des indemnités journalières versées par la CPAM. La demande de subrogation se fait lorsque lemployeur établit l'attestation de salaire. Il faut indiquer les dates de début et de fin de la période pendant laquelle la subrogation est demandée. Il ne faut pas indiquer la date de fin de l'arrêt de travail mais la date de fin de la période pendant laquelle peut s'appliquer le maintien du salaire et la subrogation, et ce même si la durée de l'arrêt de travail ne couvre pas toute la période. Il faut mentionner le numéro du compte postal ou bancaire sur lequel doivent être versées les indemnités journalières.
Le salarié ne reçoit pas dindemnités journalières pendant les trois premiers jours de larrêt maladie. Cest ce quon appelle « le délai de carence ». Sil reprend une activité qui ne dépasse pas 48 heures entre deux arrêts de travail, le délai de carence n'est pas appliqué pour le second arrêt. Ce sera aussi le cas pour les arrêts de travail liés à une affection de longue durée (ALD). La durée maximum de versement des indemnités journalières de maladie pour un ou plusieurs arrêts de travail est de 360 jours par période de trois années. Les indemnités journalières sont cumulables avec une pension d'invalidité, lorsqu'une reprise d'activité a été autorisée par le médecin-conseil ; un salaire, lorsque le salarié reprend une activité professionnelle à temps partiel pour motif thérapeutique ; une rente dincapacité de travail ; une indemnité de congés payés lorsque le salarié tombe malade pendant ses congés. Par contre, elles ne sont pas cumulables avec les indemnités de chômage ; les allocations de préretraite ; et, les indemnités de repos de l'assurance maternité. Elles sont soumises à la CSG (contribution sociale généralisée) au taux de 6,2 % et à la CRDS (contribution au remboursement de la dette sociale) au taux de 0,5 %.