Pendant son arrêt maladie, l'assuré est tenu de respecter certaines obligations. Il doit dabord accepter le contrôle du service médical de l'Assurance maladie, en cas de refus, il se risquerait à la suspension du versement de ses indemnités journalières. Egalement, lors de ce contrôle, il devra mettre à la disposition des contrôleurs les documents didentité afin quils puissent sassurer que la personne sur laquelle ils effectueront le contrôle est bien le salarié malade. Si ces contrôles nétaient pas concluants, la personne verra alors ses indemnités suspendues, le cas échéant, lAssurance maladie sera tenue dinformer à la fois lentreprise et le salarié malade.
Une autre de ses obligations est, pour le salarié, de reprendre son activité professionnelle dès que larrêt arrive à son terme, on cessera alors de lui verser des indemnités et le salarié percevra à nouveau son salaire, ou sil est en recherche demploi, il recevra des indemnités de chômage. Sil a arrêté le travail plus de trois semaines, à son retour à son poste, il sera soumis à une visite médicale de reprise du travail, elle devra se faire dans lentreprise. Elle est obligatoire et devra se tenir au moins huit jours après la reprise. Si à son issue, le médecin du travail considère que lemployé nest pas apte à retrouver son poste dans lentreprise, il faudra lui trouver un autre poste dans la société, cest le reclassement.
Avant de retrouver son emploi, le salarié a également la possibilité de demander une visite médicale de pré-reprise s'il s'agit d'un arrêt de plus de vingt et un jours pour maladie, ou d'un arrêt de plus de huit jours pour accident du travail, ou d'un arrêt pour maladie professionnelle. Le salarié malade qui sera déclaré apte à retourner au travail avant la fin de son arrêt maladie devra en informer la caisse primaire de sécurité sociale dont il dépend, qui suspendra alors le versement des indemnités journalières.
Enfin, si le médecin qui a signé larrêt considère que le salarié malade nest pas en mesure de retrouver un poste à temps complet, il pourra lui proposer une reprise à temps partiel sil estime que cela puisse être bénéfique pour la santé du salarié. Le salarié travaillera alors dans ces conditions pendant un an, si son entreprise est prête à le recevoir, si cela ne lui nuit pas. Le médecin fixera le pourcentage d'activité, tandis que le salarié et lemployeur détermineront le planning. Au salaire du salarié, il pourra être ajouté des indemnités journalières, si les caisses lautorisent.