Le traité de Lisbonne accorde des nouveaux droits pour les citoyens. Lobjectif est de renforcer la démocratie participative. Tout citoyen de lUnion européenne a la citoyenneté de son Etat et la citoyenneté européenne. On donne valeur juridique à la Charte des droits fondamentaux de lUnion européenne. Par conséquent, les citoyens peuvent linvoquer devant le juge. Toutefois, le Royaume-Uni et lIrlande bénéficient dun régime dérogatoire. Le Traité prévoit également un droit dinitiative citoyenne. Un million de citoyens qui sont originaires dun nombre significatif dEtats membres peuvent demander à la Commission européenne de proposer un projet législatif. Le Conseil doit siéger en public pour les délibérations et le vote des lois. Lespace de liberté, de sécurité et de justice a été renforcé par une coopération plus poussée dans les domaines civil et pénal et un Parquet européen est en voie dêtre créé.
Le traité de Lisbonne renforce les droits et le rôle des Parlements nationaux dans les domaines législatifs, budgétaire et de contrôle politique. Lobjectif est dappuyer la démocratisation de lUnion européenne. Pour le bon fonctionnement de lUnion européenne ces Parlements ont le droit à linformation et la possibilité de sexprimer sur les projets dactes législatifs de lUnion européenne et sur tous les sujets qui les intéressent particulièrement. Les documents de consultation de la Commission (livres blancs, livres verts et communications) doivent leur être transmis rapidement. Les gouvernements doivent leur communiquer les propositions législatives de la Commission. Il leur est également possible désormais dexercer un recours directement devant la Cour de justice de lUnion européenne lorsquils constatent des violations au principe de subsidiarité.
LAssemblée nationale ou le Sénat peuvent donner un avis motivé sur la conformité dun projet de loi européenne au principe de subsidiarité. Lavis est adressé par le Président de lassemblée concernée aux Présidents du Parlement européen, du Conseil et de la Commission européenne. Le Gouvernement en est informé. Pour recourir devant la Cour de justice de lUnion européenne, il faut au minimum soixante députés ou soixante sénateurs.
Par ailleurs, ce traité donne de nouveaux pouvoirs aux Parlements nationaux pour lexamen des questions de liberté, de justice et de sécurité. Par exemple, les assemblées parlementaires ont désormais le droit de sopposer aux propositions de la Commission. Si un tiers des Parlements nationaux juge quun projet de loi européenne ne respecte pas le principe de subsidiarité, linstitution qui en est lauteur devra létudier à nouveau. En général, il sagit de la Commission. Cest la procédure du « carton jaune ». Si la Commission maintient son projet de loi et quune majorité de Parlements nationaux présente toujours des objections, elle doit renvoyer lobjection au Conseil et au Parlement. Cest la procédure du « carton orange ». Enfin, notons que le Parlement européen est chargé dinvestir le Président de la Commission européenne sur la proposition du Conseil européen. Pour se faire, il doit prendre en considération les résultats des élections du Parlement européen.