Le traité de Lisbonne redéfinit les institutions. Le Conseil européen devient une institution de lUnion européenne. La conséquence est que la Cour de justice des communautés européennes (CJCE) pourra examiner des recours formés contre les actes du Conseil européen, à l'exception de ceux qui concernent la politique extérieure et de sécurité commune. On crée le poste de Président du Conseil européen pour donner de la stabilité à lUnion européenne. Dans un souci dimpartialité, celui-ci ne pourra pas exercer de fonctions politiques dans un Etat membre. Il est élu à la majorité qualifiée par le Conseil européen pour une durée de deux ans et demi. Le mandat est renouvelable une fois. Il représente lUnion européenne sur la scène internationale et il assure la coordination des travaux du Conseil européen.
Le Haut représentant de lUnion pour les affaires étrangères et la politique de sécurité participe aux travaux représente le Conseil européen dans la politique étrangère et de sécurité commune (PESC) et il est vice-président de la Commission pour les relations extérieures. On renforce ainsi les pouvoirs du Parlement européen en étendant la procédure de la codécision entre le Parlement européen et le Conseil à une cinquante de domaines ; en particulier la lutte contre limmigration clandestine ou les traitements des demandes dasile. La procédure de codécision devient ainsi une procédure législative ordinaire. Le nombre de commissaires européens a été réduit. A compter de 2014, il y aura un nombre égal aux deux tiers du nombre dEtats membres (soit 18 commissaires pour une Union européenne à 27) et sera appliquer une rotation égalitaire.
Du fait de lélargissement de lUnion européenne et en prévision de ladhésion de nouveaux Etats, les règles de vote au sein du Conseil ont été modifiées. Lapplication de la règle de la double majorité est désormais prévue. Lobjectif est de renforcer le caractère démocratique et lefficacité de lUnion européenne. De plus, elle permet de créer des majorités et par conséquent, elle favorise la prise de décision. Cela permet de prendre en compte le poids de chacun des Etats membres pour que les décisions correspondent au choix de la majorité des citoyens. Ainsi, pour adopter une décision, il faudra recueillir les voix de 55 % des membres du Conseil. Le conseil devra comprendre au moins quinze Etats et représenter au moins 65 % de la population de lUnion. La minorité de blocage devra comprendre au minimum quatre Etats membres. La règle de la double majorité sera applicable à partir de 2014, et en 2017 pour les Etats qui bénéficient dun régime transitoire : cest le « compromis de Ioannina ». Il prévoit que les Etats membres qui natteignent pas la minorité de blocage mais qui représentent 1/3 des Etats membres ou 25% de la population pourront demander à réexaminer une décision que le Conseil a adopté à la majorité qualifiée. Enfin, le vote à la majorité qualifiée a été étendu à de nombreux domaines. Par exemple, les contrôles aux frontières extérieures, les visas, lasile, la politique de limmigration
Des clauses spécifiques sont prévues pour adapter les traités et éviter des procédures de révision trop lourdes. Les « clauses passerelles » autorisent le Conseil à décider quun domaine sera désormais voté à la majorité qualifiée (à lexception des questions de défense). Les « clauses de flexibilité » permettent délargir les compétences de lUnion européenne.