On applique à lauto-entrepreneur le régime du micro-social. Tous les trimestres ou tous les mois, lauto-entrepreneur déclare le chiffre daffaires hors taxes quil a réalisé au cours de cette période et il règle les cotisations sociales en conséquence. La déclaration et le paiement se font le dernier jour de chaque mois si lon a opté pour une échéance mensuelle. Ils se font les 30 avril, 31 juillet, 31 octobre et 31 janvier si lon a opté pour une échéance trimestrielle. Pour changer la périodicité dans les paiements, il faut faire la demande avant le 31 octobre. La première déclaration et le premier paiement se font après trois mois civils. Le règlement se fait en ligne sur le site internet de lauto-entrepreneur. Il peut se faire directement par chèque auprès du centre de paiement du Régime social des indépendants (RSI) pour les artisans et les commerçants et auprès de lUrsaff pour les professions libérales. Ainsi, lauto-entrepreneur na pas à remplir de déclaration annuelle de revenus auprès du RSI. De plus, il na pas de déclaration ou de paiement à faire sil na pas réalisé de chiffre daffaires.
Pour calculer les cotisations sociales, on applique un taux global de cotisations au chiffre daffaires. Le taux dépend de lactivité de lauto-entrepreneur. Il est de 12% du chiffre daffaires pour les activités de vente de marchandises, dobjets, de fournitures et de denrées à emporter ou à consommer sur place, ou les activités de fourniture de prestations de logement. Il est de 21,3% du chiffre daffaires pour activités de services qui relèvent des bénéfices industriels et commerciaux (BIC). Il est de 21,3% du chiffre daffaires pour les activités libérales qui relèvent du régime de retraite du RSI. Enfin, il est de 18,3% du chiffre daffaires pour les activités libérales qui relèvent de la Cipav. Il y a des taux spécifiques pour les bénéficiaires de lACCRE (aide aux demandeurs demploi créant ou reprenant une entreprise) ainsi que pour les auto-entrepreneurs dOutre-Mer (Martinique, Guadeloupe, réunion, Guyane) et de Saint-Martin et Saint-Barthélemy. Depuis 2010, les auto-entrepreneurs ne paient plus la contribution à la formation professionnelle.
Lorsque lauto-entrepreneur ne fait pas de déclaration de chiffre daffaires pendant trente-six mois ou douze trimestres consécutifs, il ne pourra plus bénéficier du régime du micro-social et on lui appliquera le régime classique de lentreprise individuelle. Il devra régler des cotisations sociales provisionnelles.