Les juridictions militaires ne sont pas des juridictions permanentes. Elles sont par ailleurs différentes selon la situation militaire du pays. Les militaires susceptibles dêtre jugés par ces juridictions sont tous les militaires de carrière: les militaires engagés par contrat ; les militaires qui accomplissent leur service ; les militaires placés dans un hôpital, un établissement pénitentiaire, etc.). Aussi, lorsquune infraction est commise par un militaire, ses complices ou coauteurs sont eux aussi jugés par la juridiction miliaire.
On distingue les périodes de paix des périodes de guerre. En temps de paix, les délits militaires commis sur le territoire français sont jugés par des tribunaux correctionnels spécialisés en matière militaire. Il en existe un par ressort de Cour dappel. Les crimes militaires sont quant à eux jugés par des Cours dassises sans jury populaire. Seuls y sont présents des magistrats professionnels. Ils sont sept pour cette formation particulière de la Cour dassises.
Pour ce qui est des infractions militaires commises hors du territoire français par des militaires en temps de paix, elles sont jugées par des juridictions spécialisées : le tribunal aux armées des forces françaises stationné en Allemagne (il a aujourdhui été supprimé), le tribunal aux armées de Paris (qui devrait lui aussi être supprimé courant 2011) et il existe des tribunaux qui peuvent être créés sur décision du Ministre de la Défense pour connaitre des contraventions des quatre premières classes.
Généralement, ces juridictions sont donc créées en temps voulu pour répondre à un besoin particulier. Par conséquent, lorsqu'aucun tribunal militaire nexiste pour juger les militaires établis à létranger, il revient aux juridictions spécialisées de droit commun de juger les infractions commises par les militaires. Il y aura une option de compétence : la juridiction du lieu de laffectation ou du débarquement.
Cest donc généralement aux juridictions de droit commun quil revient de traiter les infractions militaires commises par des militaires dans lexerce de leurs fonctions. Ainsi le tribunal correctionnel, la Cour dassises voir la Cour dappel seront compétentes. Elles seront cependant spécialement composées. Les infractions commises par les militaires en dehors du cadre de leurs fonctions relèvent quant à elles du droit commun et donc des juridictions ordinaires.
La procédure devant les juridictions militaires en temps de paix
La procédure applicable aux infractions commises par des militaires sur le territoire français se différencie très peu de la procédure applicable aux juridictions de droit commun. Il revient au Procureur de la République dengager laction publique. Il est le seul compétent en la matière. La victime ne peut donc pas lengager elle-même, sauf dans trois cas : décès, infirmité ou mutilation permanente. Les jugements rendus peuvent être contestés en appel.
Toutefois, à la différence du droit commun, le Procureur de la République qui souhaite mettre en mouvement laction publique doit préalablement solliciter lavis du Ministre de la Défense ou de lautorité militaire. Seule exception : il est dispensé de demander cet avis en cas de crime flagrant. Lorsque des investigations doivent être menées dans les locaux militaires, lautorité militaire doit avoir été avertie afin de pouvoir être présente au moment des opérations. Pour des questions de sécurité, les militaires incarcérés ne peuvent pas être détenus avec les autres prisonniers.
Sagissant à présent de la procédure applicable aux infractions commises par des militaires hors de France les règles sont très différentes. Les références à la procédure de droit commun sont peu nombreuses. Ce sont essentiellement les règles du Code de justice militaire qui sappliquent. La mise en mouvement de laction publique relève du Commissaire du Gouvernement (devenu le rapporteur public) exerçant et non du Procureur de la République. Les victimes quant à elles peuvent engager laction publique dans les mêmes conditions que précédemment, à savoir, en cas de décès, de mutilation ou dinfirmité permanente. Pour que des poursuites puissent être engagées, il faut obtenir lavis du ministre de la Défense. Toutefois, cet avis nest requis quen labsence de dénonciation par les autorités militaires. Ce qui signifie que si les autorités militaires dénoncent elles-mêmes linfraction, le Commissaire du Gouvernement a lobligation de poursuivre.
La détention provisoire applicable aux infractions militaires est elle aussi différente puisque le militaire peut être détenu pendant cinq jours et plus. Enfin, en matière de justice militaire pour les infractions commises hors du territoire de la République, lappel nest pas possible pour les délits et contraventions. Seule demeure la possibilité du pourvoi en cassation.
Les juridictions militaires en temps de guerre
En temps de guerre, les infractions commises par des militaires sur le territoire français sont jugées par les tribunaux territoriaux des forces armées (composé de deux magistrats professionnels et trois militaires) et le Haut tribunal des forces armées, dont le siège est à Paris et qui ne juge que les infractions commises par les maréchaux, amiraux, officiers généraux et membre du contrôle des armées. Sagissant des infractions commises hors du territoire français en temps de guerre, elles relèvent de la compétence des tribunaux militaires aux armées. Ils sont composés dun président et de quatre juges militaires.
En temps de guerre, quelle que soit le lieu de linfraction, la procédure est totalement différente du droit commun. Le Commissaire du Gouvernement a un rôle bien plus réduit puisquil se contente de formuler un avis quant à lopportunité des poursuites. Cest à lautorité militaire seule quil revient de décider si oui ou non les poursuites se justifient. Elle délivre alors un ordre de poursuite. Par ailleurs, dans un souci de protection de la sécurité publique, la procédure reste relativement secrète puisque la communication des débats au public peut être interdite.