La novation a un double effet : elle éteint une obligation préexistante et elle en crée une nouvelle. Ce principe s'accompagne d'effets secondaires : les garanties qui accompagnaient la créance initiale ne profitent plus à la nouvelle. Les exceptions que le débiteur pouvait opposer ne peuvent plus l'être.
Concernant les sûretés réelles, la loi dispose que les privilèges et hypothèques de l'ancienne créance ne passent point à celle qui lui est substituée, à moins que le créancier ne les aient expressément réservé. Concernant les sûretés personnelles, le code civil dispose que par la novation faite entre le créancier et l'un des débiteurs, les codébiteurs sont libérés. Ainsi, l'unité d'objet de la dette n'entame pas la pluralité de liens. La dette est éteinte pour tous.
La novation purge les vices de l'ancienne obligation. Seule l'annulation de l'ancienne obligation peut toujours être évoquée, puisque la validité de l'obligation initiale est une condition de la novation.