Les droits fondamentaux ont bénéficié dune reconnaissance plutôt tardive dans le cadre de lUnion européenne. La raison est simple, cette union était dabord fondée sur les échanges économiques entre les États et sest peu à peu transformé en un véritable projet de société commune.
En premier lieu, lUnion européenne a commencé par faire référence à son attachement aux droits fondamentaux tels quils sont reconnus dans la Convention européenne des droits de lhomme et des libertés fondamentales. Par la suite de véritables droits ont émergés. Cest le cas notamment des droits tels que la libre circulation des travailleurs, la libre circulation des citoyens de lUnion, linterdiction de discrimination en raison de la nationalité/ la race ou lorigine ethnique/ la religion ou les convictions/ un handicap/ lâge ou lorientation sexuelle, légalité homme femme, légalité de rémunération entre les travailleurs masculins et féminins, le droit dasile, la liberté détablissement, ou encore le droit au regroupement familial.
Même si dans un premier temps ces droits avaient un but purement économiques, cela a ouvert la porte à la reconnaissance de droits plus classiques tombant ainsi sous la juridiction de la Cour de justice des communautés européennes (CJCE) et le Tribunal de première instance des communautés européennes (TPICE).
Les droits fondamentaux se trouvent aussi garantis par le système de protection institué par la Conseil de lEurope à travers la Convention européenne des droits de lhomme et son organe la Cour européenne des droits de lhomme. Il sagit de protéger les individus contre les abus de lÉtat à travers ses organes. La nouveauté que constitue la CEDH se trouve dans le fait que pour la première fois une personne ordinaire peut invoquer ses droits face à un État devant une juridiction internationale et obtenir des réparations éventuelles.
La convention a une valeur juridique forte. Les règles quelle reconnaît sont en effet plus élaborées et plus protectrices. Il y a deux types de droits dans la CEDH. Tout dabord les droits dits intangibles c'est-à-dire qui ne peuvent faire lobjet de limitation parce que tout être humain par nature en est bénéficiaire. Il sagit du droit à la vie, linterdiction de la torture et de traitement inhumains et dégradants, droit à ne pas être soumis à lesclavage ou à la servitude, principe de non-rétroactivité de la loi pénale (la loi ne vaut que pour lavenir), et le droit à ne pas être puni ou jugé deux fois pour les mêmes faits.
Ensuite, nous avons les droits dits conditionnels, c'est-à-dire tous les doits restants, qui eux peuvent faire lobjet de limitations mais sous certaines conditions. Il sagira en fait de prendre en compte la nécessité de protéger lordre public ou un intérêt général qui primerait sur lexercice de certains droits. Ainsi, pour limiter ces droits, les mesures prises par lÉtat doivent être prévues par une loi (sous entendu publiée au journal officiel afin que toute personne concernée puisse en avoir connaissance et donc que cette limitation soit prévisible). La deuxième condition tient au but poursuivi par cette limitation qui doit être légitime. Ici, lÉtat dispose dune assez large marge de manuvre pour définir ce que contient la notion dordre public ou dintérêt général.
La troisième condition est la nécessité, c'est-à-dire que la mesure de restriction dun droit doit se justifier par un besoin social impérieux ou par des raisons convaincantes et impératives, tout en étant proportionnée au but poursuivi. Un juste équilibre doit être trouvé entre intérêt général et droits individuels.
Les droits issus de la Convention sont complémentaires aux droits reconnus par les droits nationaux. Cest donc aux autorités françaises dassurer en premier lieu la protection et la sauvegarde effective des droits fondamentaux. Cest ce qui explique que les recours devant la Cour européenne des droits de lhomme ne peut seffectuer quaprès épuisement de toutes les voies de recours internes et après un jugement définitif de la juridiction la plus élevée dans lordre judiciaire (Cour de Cassation ou Conseil dÉtat, si la décision est bien définitive, c'est-à-dire sans renvoi). Les États ont lobligation dappliquer les décisions de la Cour et cela sous peine de sanctions du Conseil de lEurope. Les décisions sont généralement très suivies et le système fonctionne assez bien.