Les Chambres régionales des comptes soccupent des collectivités locales que sont la commune, la région et le département tandis que les Chambres territoriales des comptes prennent en charge les collectivités locales doutre-mer ainsi que les établissements publics qui en dépendent. Il y a une Chambre régionale des comptes par région et six Chambres territoriales en Outre-mer. Dans la grande majorité des cas, elles siègent au chef-lieu de la région. Il faut noter que les collectivités locales qui ont une population inférieure à 3 500 habitants ou qui ont des ressources de fonctionnement qui nexcèdent pas 750 000 euros sont contrôlées par des trésoriers payeurs généraux. Ces derniers dépendent du Ministère du budget, des comptes publics et de la fonction publique.
Les Chambres régionales et territoriales sont dirigées par un Président de chambre qui est un magistrat de la Cour des comptes. Il arrête le programme annuel des travaux après avoir consulté les magistrats et demandé lavis du Ministère public. Chaque chambre est divisée en sections, elles-mêmes dirigées par un Président de section. Les sections peuvent soccuper de plusieurs secteurs : secteurs géographiques, secteurs thématiques (lenseignement secondaire par exemple) ou secteurs techniques (contrôle budgétaire par exemple). Chaque section comporte des magistrats, des rapporteurs et des assistants. Un Commissaire du gouvernement représente le Ministère public. Le secrétaire général soccupe de ladministration. Le Premier Président de la Cour des comptes dirige le Conseil supérieur des Chambres régionales des comptes. Il intervient pour toutes les questions qui concernent la carrière des magistrats et le fonctionnement des Chambres.
Les Chambres régionales et territoriales des comptes ont trois grandes activités. Premièrement, elles jugent les comptes des comptables publics des collectivités locales et des établissements publics qui y sont rattachés dans leur ressort géographique. Parfois, elles sont associées à des travaux de la Cour des comptes. En règle générale, le contrôle se fait tous les quatre ans. Chacune fait la liste des organismes quelle va contrôler. Les CRCT contrôlent la régularité et la conformité des dépenses et des recettes. Elles font une analyse des comptes et des documents justificatifs ainsi quun examen de léquilibre des comptes. Une équipe de contrôle se charge dinstruire le contrôle. Elle comporte un ou plusieurs magistrats. Ils bénéficient de lassistance de rapporteurs et des assistants. Cest un contrôle sur pièces et sur place. Refuser laccès à des documents entraîne une peine damende. Cest une procédure contradictoire.
Le comptable public peut connaître les critiques de la Chambre grâce au jugement provisoire. Il peut donner ses explications. Puis, la Chambre donne son jugement définitif. Sagissant du jugement de la gestion, la Chambre remet tout dabord un rapport dobservation provisoire. Il est possible de répondre par écrit ou de demander à être auditionné. Ensuite, la Chambre dresse un rapport dobservations définitives (ROD) quelle adresse à lorgane dirigeant de la collectivité locale ou de lorganisme contrôlé. Ce dernier peut y répondre. Le rapport dobservations définitives est transmis à lAssemblée délibérante. Il peut être communiqué à toute personne intéressée. Par ailleurs, la Chambre peut choisir de la communiquer aux autorités étatiques. Lorsque les comptes sont réguliers, les CRCT donnent décharge au comptable public. Dans le cas contraire, elles le mettent en débet. On dit quelles lui donnent « quitus » quand il quitte son emploi et quil ny a aucune charge contre lui. Par ailleurs, elles peuvent juger les comptes dune personne qui nétait pas comptable public mais qui a pris part dans la gestion des comptes publics. On parle de comptable de fait. Il est possible de faire appel du jugement devant la Cour des comptes.
Deuxièmement, elles examinent la gestion des collectivités locales et des organismes qui leur sont rattachés ou qui perçoivent des subventions. Cest une procédure contradictoire. Elles rédigent un rapport dobservations définitives. Les ordonnateurs locaux y inscrivent leurs réponses. Puis, le rapport est adressé à lAssemblée délibérante. Toute personne peut demander laccès au rapport de communication. Par ailleurs, elles peuvent inscrire leurs observations principales dans le rapport public de la Cour des comptes.
Troisièmement, elles contrôlent le budget des collectivités locales et des établissements publics qui leur sont rattachés sur la demande du représentant de lEtat et parfois, sur la demande dune personne intéressée. Le contrôle du budget se fait dans cinq hypothèses : le budget de la collectivité na pas été adopté dans les délais légaux ; les recettes ne correspondent pas aux dépenses (vote en déséquilibre réel) ; lexécution du budget présente un déficit important ; et enfin, ce nest pas lAssemblée délibérante qui a voté le compte administratif. Les CRCT rendent des avis budgétaires où elles présentent des propositions de rétablissement budgétaire. Il est transmis à lAssemblée délibérante et la collectivité locale en assure la publicité.