Le recours en manquement sanctionne le non-respect du droit communautaire par les Etats membres. Il y a manquement lorsquun Etat ne respecte pas une obligation du droit communautaire (droit originaire ou dérivé, arrêts de la Cour de justice et du Tribunal de première instance). Ce peut être à la suite dun comportement positif ou négatif. Il est positif lorsquun acte juridique interne viole le droit communautaire, même sil na pas encore été appliqué. Il est négatif lorsquil y a une abstention ou un refus de prendre les mesures nécessaires. Par exemple, un retard dans la transposition dune directive. Enfin, il peut sagir dopérations matérielles. Nimporte quel organe de lEtat peut être à lorigine du manquement. Les autorités centrales, fédérées et décentralisées sont aussi concernées.
La procédure comprend deux phases : une phase précontentieuse et une phase contentieuse. A lorigine de la procédure, on trouve soit la Commission qui a découvert une infraction ou qui a été alertée par une plainte dautres Etats ou de particuliers ; soit un Etat membre qui saisit la Commission à lencontre dun autre Etat. Dans la première hypothèse, la Commission examine la demande et décide de déclencher la procédure. LEtat doit présenter ses observations. La procédure peut être interrompue soit parce que la Commission estime quau vu de ses explications, lEtat nest pas responsable ; soit parce que lEtat a pris les mesures nécessaires. Dans le cas contraire, elle rend un avis motivé. Soit, lEtat remplira ses obligations, soit il persistera dans son manquement. Dans la seconde hypothèse, la Commission doit engager une instruction contradictoire à lissue de laquelle elle présente ses conclusions dans un avis motivé. Ce sera alors à lEtat de décider de déclencher la phase contentieuse.
A la fin de la phase précontentieuse et si le manquement persiste, la Commission ou lEtat plaignant peuvent saisir la Cour de justice des communautés européennes (CJCE). Le recours nest pas suspensif. Mais, la Commission peut demander au juge de suspendre lapplication des mesures contestées. La procédure contentieuse est contradictoire. La Commission a la possibilité de se désister à tout moment. Par exemple, lEtat a mis fin au manquement. Elle pourra tout de même décider de poursuivre laffaire si elle estime quil y a un intérêt à le faire. La Commission ou lEtat requérant doivent prouver le manquement. Seule la force majeure peut justifiée un manquement. En effet, lEtat ne pourra pas se prévaloir de difficultés particulières ; du manquement dun autre Etat membre ou encore de la carence des institutions communautaires. En revanche, limprécision ou lambigüité des normes communautaires violées peuvent excuser le manquement dans certains cas.
Larrêt de manquement est déclaratoire. Il constate simplement lexistence ou non du manquement. Il a lautorité de la chose jugée et de la chose interprétée. Par conséquent, lEtat doit prendre toutes les mesures nécessaires pour supprimer le manquement et ses conséquences. Les autorités et les juridictions nationales ne doivent plus appliquer la disposition nationale qui est reconnue incompatible avec le droit communautaire. En cas de doute sur le contenu dune règle communautaire, on ne pourra pas présenter de recours préjudiciel si la question a déjà été résolue dans un arrêt de manquement. L'Etat membre a un délai pour rétablir la situation. Sil nexécute pas larrêt en manquement, cest un nouveau manquement qui peut donner lieu à un nouveau recours en manquement. Aussi, si la Commission juge quun Etat na pas pris les mesures ordonnées, elle peut demander à la Cour de justice de condamner lEtat au paiement dune somme forfaitaire ou dune astreinte.