La Cour des comptes est une juridiction administrative spécialisée indépendante. Un Premier Président assure la présidence. Il met en place le programme de la Cour : nature et calendrier prévisionnel des contrôles. Il est possible dassocier les Chambres régionales et territoriales des comptes (CRCT) à certains travaux. Le Procureur général représente le Ministère public. La Cour des comptes est divisée en sept chambres. Chaque chambre comprend environ trente magistrats, des rapporteurs et des assistants. Par ailleurs, il est possible davoir recours à des experts pour des missions techniques ou à des spécialistes de laudit comptable pour un appui dans la certification des comptes. Une chambre correspond à un des domaines de compétence de la Cour et soccupe du contrôle dun ministère particulier. Par exemple, la Première chambre correspond au Ministère des finances et du budget. Elle vérifie tous les circuits financiers publics. La Sixième chambre correspond aux Ministères chargés de la santé et de la sécurité sociale et aux organismes de sécurité sociale. La Cour des comptes dispose dun secrétariat général et de services administratifs. Elle a cinq grandes fonctions.
Premièrement, le contrôle de laction du Gouvernement. Tout dabord, la Cour des comptes assure le contrôle de toute la gestion publique : qualité et régularité de la gestion, efficacité des actions entreprises pour respecter les objectifs publics. Elle vérifie les résultats. Sont concernées les administrations ainsi que les organismes publics et parapublics. Elle peut aussi faire le contrôle de lutilisation des fonds publics versés aux organismes privés. Le contrôle peut concerner les comptes et/ou la gestion des comptes. Si lorganisme contrôlé refuse de communiquer les documents, il risque une peine damende. Le rapporteur rédige un rapport. Il est examiné par un conseiller-maître puis transmis à la Chambre concernée pour délibération. Sagissant des jugements des comptes, le comptable peut répondre aux critiques avant que la Cour ne prenne un arrêt définitif. Sagissant de la gestion des comptes, la Cour présente ses observations dans une communication administrative. Si cest nécessaire, elle adresse préalablement à lorganisme contrôlé ses résultats. Il pourra émettre des observations écrites ou orales.
Puis, la Chambre décide de transmettre la communication administrative. Il en existe plusieurs types. Ainsi, le « référé » est envoyé au Ministre concerné par le Premier président, puis transmis au Parlement. La « lettre du Président de la Chambre » et la « communication du Procureur général » sadressent aux Directeurs dadministration centrale de Ministère, aux Préfets et chefs de services déconcentrés de lEtat, aux dirigeants détablissements publics. Le « rapport particulier » sur une entreprise publique est destiné aux dirigeants de lentreprise, à son contrôleur dEtat et à ses Ministres de tutelle. Puis, il est transmis aux Commissions des finances du Parlement. Par ailleurs, certains travaux peuvent être remis au Comité de la publication et des programmes qui décidera ou non de les publier.
La Cour des comptes engage les contrôles de sa propre initiative. Mais, les Commissions des finances de lAssemblée nationale et du Sénat peuvent lui demander des enquêtes précises. De même, les Commissions des finances et les Commissions chargées des affaires sociales de lAssemblée nationale et du Sénat peuvent lui demander des enquêtes sur la Sécurité sociale. Ensuite, la Cour des comptes a une activité juridictionnelle. En effet, elle peut mettre en uvre une procédure de jugement des comptes lorsque les comptables publics ont commis des infractions. Elle vérifie les recettes et les dépenses. Lorsque les comptes sont réguliers, on dit quelle donne « décharge » au comptable. En revanche, sil y a des irrégularités, on dit quelle le met « en débet ». Elle communique ensuite ses conclusions aux autorités administratives concernées, à la Cour de discipline budgétaire et financière (CDBF) et éventuellement, aux autorités judiciaires. Elle juge aussi les personnes qui nétaient pas habilitée à gérer les comptes publics. On parle de comptables de fait. La Cour des comptes est le juge dappel des recours formés contre certaines décisions des Chambres régionales des comptes. Enfin, elle certifie la régularité, la sincérité et la fidélité des comptes de lEtat et de la Sécurité sociale. Ce qui signifie quelle regarde si les règles ont bien été respectées et appliquées et si les comptes témoignent de la réalité.
Deuxièmement, le contrôle de lexécution des lois de finances. Il sagit de la loi de fiances de lEtat et la loi de financement de la Sécurité sociale. La Cour des comptes vérifie que les ministres ont bien respecté lautorisation budgétaire qui a été votée par le Parlement. Elle contrôle les recettes et les dépenses. Tous les ans, elle rédige plusieurs rapports. A savoir, un rapport sur les résultats et la gestion budgétaire de lannée passée, un rapport pour le Parlement quand le Gouvernement a effectué des mouvements de crédits quil faudra ratifier par une loi de finances, un rapport sur la manière dont est appliquée la loi de financement de la Sécurité sociale et enfin, un rapport sur la situation des finances publiques. Les Commissions parlementaires concernées peuvent linterroger sur ces sujets.
Troisièmement, la Cour des comptes évalue les politiques publiques. Quatrièmement, elle assure linformation des citoyens en rendant publics ses travaux les plus importants. Tous les ans, elle remet un rapport au Parlement et au Président de la République. De plus, elle publie des rapports thématiques sur des sujets particulièrement complexes et significatifs. La publication concerne aussi les rapports sur la loi de finances de lEtat et la loi de financement de la Sécurité sociale ainsi que certains travaux des Chambres régionales et territoriales des comptes. La Documentation française édite tous ces différents rapports. Ils peuvent être visualisés sur le site de la Cour des comptes. Le Comité du rapport public et des programmes décide des rapports à publier. Cinquièmement, le contrôle des organismes qui font appel à la générosité du public. La Cour vérifie que les dons reçus sont bien utilisés. Elle peut présenter des observations aux organes décisionnels des organismes.
La Cour des comptes intervient également au niveau international (contrôle et certification des comptes, contrôles de gestion). En particulier, elle est commissaire aux comptes dans huit organisations internationales : Organisation des Nations Unies pour l »éducation, la science et la culture (UNESCO), Organisation internationale de la francophonie (OIF) et Fonds multilatéral unique, Organisation de laviation civile internationale (OACI), Organisation mondiale du commerce (OMC), Organisation européenne pour lexploitation des satellites météorologiques, Organisation de coopération et de développement économiques (OCDE), Commission préparatoire pour linterdiction complète des essais nucléaires, Conseil de lEurope. Par ailleurs, il y a des magistrats qui sont commissaires aux comptes dans dautres organisations internationales comme le Centre international des hautes études agronomiques méditerranéennes ; lOffice international des épizooties ; lUnion latine ou encore l'Office européen des brevets. Au niveau européen, il faut noter que la Cour européennes des comptes est composée dun représentant par Etat membre. La Cour des comptes travaille en relation avec les instances de contrôle des comptes publics des autres Etats membres.