Elles sont infligées par les juridictions mais aussi par certaines administrations qui en sont habilitées comme ladministration fiscale. Il s'agit du juge de lapplication des peines et du tribunal de lapplication des peines en 1ère instance, de la chambre de lapplication des peines de la cour dappel en appel, avec possibilité dintervention et de la chambre criminelle de la Cour de cassation.
Toutefois, il existe des modalités spécifiques à la phase dapplication de la peine. Dans le cas de la permission de sortir pour les peines privatives de liberté, la suspension de peine qui suspend lapplication de la peine pendant un certain temps, par exemple en cas de maladie du condamné, la libération conditionnelle où le condamné est élargit et il sera libéré de manière anticipé sous réserve quensuite qu'il ne commette pas d'autre infraction, faute de quoi elle sera révoquée, [la réduction de peine où la durée ou le montant de la peine est réduit par rapport à ce qui était prévu dans le jugement. Ce qui est décidé dans le jugement pourra donc être modifié par la suite par le Juge dapplication des peines.
La privation de liberté (lemprisonnement). Cest une peine extrêmement fréquente. Il existe une peine qui vise spécialement les étrangers, cest linterdiction du territoire français qui frappe tout étranger condamné pour crime ou délit et qui entraîne de plein droit la reconduite à la frontière. Il ne faut pas confondre cette peine avec lexpulsion.
Il existe également des peines perpétuelles telles que la réclusion criminelle à perpétuité. Pour éviter que la peine perpétuelle ne soit abrégée excessivement par les différentes techniques dindulgence, le législateur a décidé que ces peines pouvaient être accompagnées dune peine de sûreté c'est-à-dire un certain nombre dannées pendant lesquelles aucun allègement de la peine nest possible.
En fin dexécution de la peine, le législateur a prévu la rétention de sûreté. Ainsi, à la fin dexécution de la peine, si la dangerosité est particulière et si la probabilité de récidive est élevée, une commission peut décider du placement de lintéressé dans un centre socio-médico judiciaire. La décision est prise pour un an et est renouvelable indéfiniment. A lheure actuelle, cette possibilité de rétention de sûreté nexiste que pour ceux qui ont été condamnés à plus de quinze ans de réclusion criminelle et pour certains crimes particulièrement atroces. Le 17 novembre 2009, lAssemblée Nationale a proposé, entre autre durcissement des peines, la possibilité de prononcer la rétention de sûreté, non plus lorsque la peine prononcée par le juge dépasse quinze ans, mais quand elle dépasse dix ans.