Très peu de médecins ne sont pas conventionnés. On les appelle les médecins de « secteur 3 ». On estime quils sont moins de 1%. Le médecin est non conventionné lorsquil na pas conclu de convention médicale avec la Sécurité sociale. Il choisit librement ses honoraires. Mais, il doit les déterminer avec « tact et mesure ». Pour les remboursements des soins, on applique le tarif dautorité. Le montant dépend du département dans lequel se situe le cabinet. Il varie entre 0,49% et 0,61%. Ainsi, pour une consultation chez le généraliste, le patient sera remboursé dun euro. Lorsque le patient bénéficie de la couverture maladie universelle (CMU), il ne pourra pas prétendre au remboursement des soins. Les organismes de complémentaire santé ont des modalités de remboursement spécifiques.
Un médecin est conventionné peut choisir de devenir non conventionné. Il doit informer la Caisse primaire dassurance maladie du lieu où il est installé. Il envoie une lettre recommandée avec accusé de réception. Les médecins non conventionnés restent soumis à la législation de la Sécurité sociale ; aux règles de santé publique et aux règles de déontologie.