Les dérogations à linterdiction des entraves à la libre circulation des marchandises sont admises lorsquelles sont justifiées par des raisons dintérêt général et lorsquelles sont la conséquence dexigences impératives dintérêt général. Tout dabord, les raisons dintérêt général. Il sagit des raisons de moralité publique, d'ordre public, de sécurité publique, de protection de la santé et de la vie des personnes et des animaux ou de préservation des végétaux, de protection des trésors nationaux qui ont une valeur artistique, historique ou archéologique ou de protection de la propriété industrielle et commerciale. Les interdictions ou les restrictions ne doivent pas être un moyen de discrimination arbitraire ou une restriction déguisée dans le commerce entre les Etats membres. Par exemple, pour interdire limportation de certaines marchandises au motif quelles seraient de nature indécentes ou obscènes, un Etat membre ne pourra pas invoquer des raisons de moralité publique lorsque sa législation ninterdit pas de fabriquer ou de commercialiser ces marchandises sur son territoire.
Il existe des clauses de sauvegarde que les Etats membres peuvent utiliser à loccasion de ladoption des directives dharmonisation des législations nationales. Dès lors, si lEtat membre juge quil faut garder les dispositions nationales, il doit les notifier à la Commission et indiquer les raisons de leur maintien. Par exemple, pour protéger lenvironnement ou le milieu de travail.
Sagissant des exigences impératives dintérêt général, elles doivent sappliquer aussi bien aux produits nationaux quimportés. Elles se rapportent notamment aux contrôles fiscaux, à la protection de la santé publique, à la loyauté des transactions commerciales et à la défense des consommateurs. Par exemple, on fixe une teneur minimale en alcool pour les boissons destinées à la consommation humaine.